宾夕法尼亚，乔治亚州合作：1460万美元用于扩展病原体数据库，加快全球研究	打印问题
2009年12月22日，第56卷第16期

澳门娱乐城网上赌场和佐治亚大学的研究人员从美国国立卫生研究院下属的国家过敏和传染病研究所获得了一份为期五年、价值1460万美元的合同，以扩大和扩展真核病原体基因组数据库资源（http://EuPathDB.org）的工作（年鉴2009年2月17日）。这个革命性的开放数据库使科学家能够检查与各种重要人类病原体相关的基因、基因组、分离物和其他属性。通过帮助识别潜在的疫苗抗原和药物靶点，EuPathDB促进了有效诊断和治疗方法的寻找。

该奖项继续NIH资助集成不同基因组规模数据集的生产数据库系统。EuPathDB最初是为恶性疟原虫（一种导致最严重的人类疟疾的微生物）开发的，基于其在加速传染病研究方面的成功，EuPathDB已经扩展了几次。最新版本共支持27个物种，为研究人员提供针对生物防御和新出现和再出现的病原体的生物信息学工具。

该数据库的目标还包括：

•威胁公共供水的病原体，包括隐孢子虫、贾第虫和弓形虫，未来几个月还将增加针对内阿米巴虫和微孢子虫的成分。

•与艾滋病和其他免疫抑制疾病相关的机会性感染，包括隐孢子虫、微孢子虫和弓形虫。

•先天性病原体刚地弓形虫，是神经性出生缺陷的主要来源。弓形虫和犬新孢子虫也是农场动物先天性感染的重要经济来源。

•滴虫，女性阴道炎的普遍病因。

•导致黑热病（利什曼原虫）、非洲昏睡病（布氏锥虫）和恰加斯病（克氏锥虫）的寄生虫，在比尔和梅林达·盖茨基金会的支持下，已将这些寄生虫纳入本资源。

EuPathDB数据库是美国国立卫生研究院支持的四个病原体生物信息学资源中心之一，由澳门娱乐城网上赌场艺术与科学学院的E. Otis Kendall生物学教授David S. Roos博士领导。共同研究人员包括澳门娱乐城网上赌场医学院的克里斯蒂安·斯托克特博士和佐治亚大学的杰西卡·基辛格博士。Roos博士和Stoeckert博士也隶属于澳门娱乐城网上赌场生物信息学中心和澳门娱乐城网上赌场基因组前沿研究所，Kissinger博士隶属于热带和新兴全球疾病中心。

了解生物体的基因及其表达方式是预防或治疗疾病的关键的第一步。EuPathDB为研究人员提供了一个数据库，对疾病发病机制的每一个可访问的步骤进行编目。在过去的6个月里，来自全球100多个国家的4.2万多名科学家使用了这个数据库及其组成网站。会议报告和讲习班有助于确保科学界有效利用这一资源。

基因组技术的进步大大增加了目前可获得的人类病原体信息的规模和范围。例如，经过六年的工作和3500万美元的成本，首个疟原虫基因组序列于2002年完成。科学家们现在可以在短短几天内花费几千美元对寄生虫的其他菌株进行测序，但是单个基因组的原始数据可以产生太字节的数据，很容易超过个人电脑。EuPathDB支持的其他大型数据集包括来自更广泛人群的DNA序列多态性，染色体修饰，RNA转录和蛋白质表达的综合研究，蛋白质相互作用和代谢途径的分析。

考虑一位致力于开发疟疾疫苗的研究人员。首先，这位科学家必须确定当寄生虫生活在人类宿主体内而不是生活在蚊子体内时，哪些基因是活跃的。然后，他们必须确定哪些基因编码的蛋白质抗原可能被免疫系统识别。通过考虑所有这些因素，再加上更多的因素，研究人员可以将寄生虫基因组中的数千个基因缩小到几十个候选基因，以进行进一步的测试。

“近年来，在基因组革命的推动下，生物医学研究的快速发展令人瞩目，”Roos博士说，“看到生物信息学工具（如EuPathDB）的影响尤其令人欣慰。通过整合不同来源的信息——基因组中的所有基因、细胞中的所有蛋白质、人群中所有患者的反应——这些数据库为改善人类健康提供了巨大的希望。”